雄英高校入學篇
出生在“個性普及的第五世代”卻是極少數“無個性”的綠谷出久，從小就崇拜象徵和平的No.1英雄歐爾麥特。
然而體檢結果宣告他“不會長出個性”，被同學尤其是青梅竹馬爆豪勝己 / 大爆殺神Dynamight長期嘲笑和霸凌。
中學三年級某天，出久在街頭遭遇“泥漿敵人”襲擊，生命垂危時被歐爾麥特救下。
在追問下，歐爾麥特不慎露出消瘦“真身”，坦白自己幾年前重傷，只能維持英雄形態數小時。
當逃走的泥漿敵人劫持爆豪時，周圍職業英雄猶豫不前，
出久卻在沒有個性的情況下本能衝上去救人，這一舉動打動歐爾麥特——他認定少年“有成為英雄的資質”。
歐爾麥特向出久透露自己“可轉移的個性”ONE FOR ALL（OFA），並決定將其繼承給出久。
歷經十個月地獄般體能訓練後，出久吞下象徵性的一撮頭髮，正式成為OFA第九代繼承者。
憑藉還不適應的新力量，出久勉強透過雄英高校入學考試，進入英雄科1-A班。
班上還有推薦入學的天才冰火使轟焦凍、嚴謹的班長飯田天哉 / 英雄名：操作手冊？→後繼承“英傑（Ingenium）”、重力少女麗日御茶子 / 無重麗等人。
與此同時，以“死柄木弔 / 志村轉弧”為首的新興反派組織“敵人聯合”也開始行動，目標直指象徵和平的歐爾麥特。
USJ襲擊事件篇
1-A班在災害救助綜合訓練設施USJ進行實戰課時，死柄木弔率領大量敵人入侵。
擔任救援課教師的朗奇拉修與班主任抹消英雄·相澤消太（綽號：擦除頭）英勇迎戰，卻被特製怪人“腦無”與傳送個性者“黑霧”壓制。
學生們被黑霧強行分散至不同災難區，被迫單獨應戰。
綠谷在“水難區”與蛙吹梅雨、峰田實協力化解危機，飯田則以速度個性成功衝出設施，向校方報警。
歐爾麥特及時趕到，與“對歐爾麥特特化”的腦無激戰並擊敗對方，但也因此燃盡體內殘火。
最終，教師集結、敵人撤退，此戰讓雄英意識到“和平象徵的時代正在崩塌”。
雄英體育祭篇
儘管遭遇襲擊，雄英仍決定在加強安保後照常舉行全國矚目的“雄英體育祭”。
這是職業英雄挖掘新人、學生改變命運的黃金舞臺。
體育祭分為障礙賽、騎馬戰、一對一淘汰賽等環節。
綠谷靠戰術與膽量在障礙賽奪冠，卻在騎馬戰上被轟焦凍針對，險些出局。
一對一比賽中，綠谷對陣揹負“父親陰影”的轟焦凍。
轟只使用右半身“冰結”個性，以此否定同為英雄的父親No.2英雄“安德瓦”，拒絕動用左半身火焰。
綠谷不惜自毀雙手，逼迫轟正視“火焰也是自己的力量”，喊出“這是你的個性，不是你父親的！”
轟終於解開心結，雙手同時爆發冰與火，二人全力碰撞，綠谷雖戰敗，卻真正改變了同學的命運。
最終冠軍由爆豪勝己獲得，但因為轟未盡全力而感到“被輕視”，怒吼不止。
體育祭後的“實習指名情況”也由此發生巨大變化，綠谷等人獲得前往各大事務所的機會。
保須市“英雄殺手”事件篇
在職業體驗“實習”中，飯田天哉為追查重傷其兄長“英傑”的連環殺手斯坦因，私自行動前往保須市。
斯坦因信奉極端“英雄純粹主義”，認為多數職業英雄本質是為名利而戰，因此大肆屠殺他所認定的“偽英雄”。
綠谷、轟焦凍與飯田在小巷與斯坦因激戰，三人合力方才將其制服。
斯坦因雖被捕，卻在網路與輿論上掀起巨大風潮，他的極端思想在暗處影響了無數人——包括未來加入敵人聯合的荼毘／轟燈矢與渡我被身子 / 多重人格血之女王。
林間合宿與神野之戰篇
為加速學生成長，雄英提前在一年級暑假舉辦“林間合宿”，由英雄團隊“荒野貓貓”負責地獄式訓練。
敵人聯合的“開闢行動隊”突襲營地，目標是抓走“潛力巨大的學生”與“轟焦凍、爆豪勝己等人”。
爆豪勝己最終被敵人擄走，社會輿論將矛頭指向雄英和英雄制度。
職業英雄與警方聯手發動“神野區救出作戰”，綠谷與部分同學也擅自參與，最終成功解救爆豪。
然而，幕後黑手All For One（AFO）親自現身，與歐爾麥特在城市中央展開最終決戰。
歐爾麥特燃盡最後殘火，以“美國合眾國·震撼一擊”擊敗AFO，但也當眾露出消瘦真身，正式宣佈退休。
自此，“象徵平和不再”的現實攤開在社會面前，治安與人心開始急速動搖。
仮免試與“英雄實習”篇
失去歐爾麥特庇護後，日本政府急需更多可靠英雄，於是提前安排一年級參加“職業英雄仮免許可”考試。
考試內容從對戰轉向“救援優先”，檢驗學生是否具備安撫民心與協調合作的能力。
綠谷等部分學生順利取得仮免，但爆豪與轟因性格與協同問題落榜。
二人後來參加補考，從“照顧問題兒童”到面對充滿偏見的小學生班級，逐步學會用溝通與同理去影響他人。
透過仮免後，學生可以在“英雄實習”中以接近真實英雄的身份參與作戰。
綠谷在歐爾麥特昔日搭檔奈特眼 / 佐佐木未來事務所實習，並捲入黑幫組織“死穢八斎會”與反個性子彈事件。
死穢八斎會與壊理救出篇
極道組織“死穢八斎會”若頭大修 / 治崎廻（Overhaul）討厭個性本身，企圖透過解體與再組成人體的個性“Overhaul”，製造“粉碎個性因子的子彈”。
他利用擁有“時間回溯肉體能力”的小女孩壊理，不斷解體她的身體來提煉子彈原料。
綠谷、通形未吏生（Mirio）、暴力虎鯨 / 逆俁空悟等人與警方聯合突襲八斎會本部，展開地下迷宮戰。
通形為保護壊理失去個性，奈特眼也在與大修的戰鬥中身負致命傷。
最終，綠谷在壊理“自動回溯個性”的輔助下，短暫以OFA 100%全開擊敗蠻神化的大修。
壊理被救出，死穢八斎會解體，大修與其部下被送往超級監獄“塔爾塔羅斯”。
奈特眼臨終前預言被打破，證明“未來並非絕對不可改變”，也為OFA的宿命主題埋下伏筆。
文化祭與Gentle篇
在接連大案與媒體批判下，雄英其他科系壓力巨大，學校決定舉辦“文化祭”安撫學生情緒。
1-A班為了讓所有人“真心放鬆”，決定舉辦搖滾樂＋舞蹈表演，領隊是音樂天才耳郎響香。
與此同時，失意中年犯罪影片UP主紳士犯罪者 Gentle Criminal與搭檔拉布拉芙計劃在文化祭當天潛入雄英，為自己“留下一筆傳說”。
綠谷在校門外與Gentle一對一激戰，以“懷揣夢想的滑坡中年”的心情為映象，對其表示理解卻也堅定阻止其破壞文化祭。
表演最終順利舉行，轟焦凍救出的壊理首次露出發自內心的笑容。
這一小篇溫柔地提醒：英雄不僅要“打贏戰鬥”，也要“讓人活得像人”。
高階腦無與No.1英雄安德瓦篇
歐爾麥特退休後，火焰英雄安德瓦 / 轟炎司正式成為排名第一的No.1英雄。
他與年輕天才鷹翼英雄·霍克斯 / 鷹見啟悟在福岡並肩作戰，卻遭遇會說話、擁有多種個性的高階腦無。
安德瓦冒著生命危險，在市民注視下壓制高階腦無，在半空中使出究極“烈焰拳·日冕燃燒”，拼盡全力獲勝。
事後，他高舉被火焰包裹的拳頭，以全身傷痕宣告“新No.1的誕生”，民眾在猶疑與敬畏中緩緩為他鼓掌。
這場戰鬥不僅確立了安德瓦“象徵時代的繼任者”地位，也將他迫使面對與家人、特別是轟冬美、轟燈矢（荼毘）之間的悲劇。
A/B班對抗聯合戰鬥訓練篇
為了提升實戰經驗，雄英安排英雄科1-A與1-B進行五場團隊戰對抗練習，並讓心操人使作為轉科候選參戰。
1-B的眾多新角色在此正式發光，包括：
小森希乃子 / 施蘑姬：蘑菇控，異能是“隨處種蘑菇”，可在敵人體內長菇。
黑色支配 / “陰謀英雄”奈米碳管黑體：能融入任何黑色物體並操控它，戰術性極高。
吹出漫我 / 漫畫俠：能將擬聲詞具象化，字越大威力越強，腦洞型戰士。
角取波妮 / Rocketti：可射出並遙控自己長角，當成飛行武器使用。
在第五場綠谷組對戰B班時，OFA內部突然暴走，激發了前任繼承者萬繩大悟郎（英雄名：Lariat）的個性“黑鞭”。
自此OFA中“歷史繼承者的個性”陸續覺醒，綠谷必須在戰鬥中學會控制多個異能，OFA的真相也逐漸浮出水面。
敵人聯合 vs 異能解放軍篇
前代大反派四ツ橋主稅（代號：Destro）曾領導“異能解放軍”，宣揚“個性自由使用權”。
其子四ツ橋力也 / Re-Destro在現代繼承父志，以企業“Detnerat”與政黨“心求黨”等合法外衣，祕密發展擁有十多萬人規模的解放軍。
他以轟焦凍哥哥荼毘／轟燈矢等人為誘餌，設下“泥花市再臨祭”要一舉殲滅敵人聯合。
然而在長達數小時的極限戰鬥中，死柄木弔覺醒個性“崩壞”的大範圍傳染能力，一觸即碎整座城市。
Re-Destro被這種“純粹破壞意志”震懾，最終主動下跪宣佈投降。
異能解放軍全體併入，由死柄木擔任總帥，組織改名為超常解放戰線，敵人勢力規模與武裝能力暴漲到前所未有的程度。
冬季實習與全面戰爭預備篇
在公安與霍克斯潛伏情報的推動下，英雄方得知超常解放戰線的據點與作戰計劃。
為即將到來的“總決戰”，雄英將一年級再次推上實戰前線，開啟冬季大規模“英雄實習”。
綠谷、爆豪、轟共同前往安德瓦事務所修行：
綠谷練習在不傷害身體前提下釋放OFA更高出力，
爆豪追求“零浪費移動”，
轟學習繼承安德瓦的“灼熱拳”真正意義。
與此同時，霍克斯以雙面間諜身份潛入超常解放戰線內部，
表面上迎合斯皮納、渡我被身子等人的暴力言論，暗中蒐集敵軍兵力與腦無工廠位置。
超常解放戰爭篇（英雄全員出動）
在霍克斯與公安提供的情報支援下，職業英雄與警察發動總攻，分三路圍剿超常解放戰線。
戰場主要分為三塊：
1. 蛇腔綜合醫院：目標是醫生殻木球大與正在改造強化中的死柄木。
這裡隱藏著腦無製造設施，雄英老師抹消英雄·相澤消太與靈質 / 石山堅等人奮戰腦無大軍。
2. 群螢山荘：主攻部隊由安德瓦、霍克斯、暴力虎鯨 / 逆俁空悟、冥黑英雄·常暗踏陰、耳郎響香等人組成，對抗本體AFO與殘存幹部。
3. 蛇腔市外圍：各地英雄阻止解放戰線幹部與腦無向市區擴散。
儘管英雄先手突襲，殻木仍成功喚醒“完全體”死柄木，他在未完全適應身體情況下就能以崩壞橫掃大片城區。
抹消頭持續用個性“抹消”壓制死柄木，但付出巨大代價；綠谷一度單獨拖住死柄木，反覆負傷。
戰役結局是雙方慘烈折損：
安德瓦重傷，聲譽受荼毘曝光“家暴往事”嚴重打擊；
霍克斯擊殺兩倍人 / 分倍河原仁（Twice）後被焚燒至重傷；
眾多英雄犧牲或重傷引退，社會對英雄制度的信任急劇崩潰。
“黑暗德克”篇（終章·黑色英雄）
意識到AFO與死柄木真正目標是自己體內的OFA，綠谷決定“一個人離開雄英”，避免連累同伴與普通市民。
他與殘存頂級英雄組成“移動掃蕩隊”，在廢墟般的日本各地追捕越獄的“無期徒刑犯（脫獄者）”。
此時的綠谷渾身佈滿OFA黑鞭、煙幕、危險感知等多重個性，外形宛如怪物般的“黑色英雄”。
他白天夜晚不停戰鬥，體力與精神逼近極限，也逐漸與普通人產生深深隔閡。
在遭遇昔日公安王牌狙擊手Lady Nagant / 筒美火伊那時，他以人格與理想打動早已厭棄英雄社會的她。
然而AFO在遠端引爆她體內的“保命個性”，Nagant身受重傷，進一步證實AFO“將所有人當作道具”的恐怖。
最終，1-A全班同學集體出動，對抗“拒絕回家”的綠谷。
爆豪在雨中向綠穀道歉，承認自己過去的霸凌與妒忌，用“真正理解他的人”的身份挽回他。
綠谷在同伴淚水與擁抱中暈倒，被帶回雄英，學校也轉為要塞化避難所，等待最後決戰。
最終決戰與結局（漫畫42卷完）
美國派遣No.1英雄Star and Stripe前來支援，卻在與死柄木的戰鬥中壯烈犧牲。
她在臨死前用自身個性“新秩序”對死柄木體內無數個性施加“反叛規則”，削弱了AFO一大部分力量，也為世界爭取時間。
此後，英雄與學生在根津校長與抹消頭等人的策劃下，利用內通者青山優雅設伏，將AFO與死柄木分割到多個戰場。
包括：
神野區Ground Zero：轟焦凍 vs 荼毘／轟燈矢，上演“赫灼熱拳·燐”對“藍焰地獄”的兄弟決戰。
群訝山莊遺址：安德瓦、霍克斯、冥黑常暗、耳郎等圍攻AFO本體。
天空要塞“雄英浮空棺”：綠谷與死柄木的最終對決。
以及港口戰、雄英內部戰等多個戰線。
綠谷在OFA前任繼承者們的協助下，逐步掌握包括“黑鞭、浮游、危險感知、煙幕、發勁、變速”等六種附屬個性。
最終他透過“變速＋發勁”的極限運用，實現超越音速、扭曲物理常理的“偽100％連擊”，在同伴協力掩護下，徹底將AFO與死柄木分離。
故事收束時，英雄制度經過重創與反思，以更透明、更重視民眾的形式重建。
綠谷與1-A同學們無論留下怎樣的傷痕，都繼續在“成為各自心中理想的英雄”道路上前進。